Genoomide analüüsimisel on selgunud, et New Yorki jõudis viirus Euroopast

9.aprill 2020 Times Square, New York. Foto: ANGELA WEISS/AFP/Scanpix

Uued uuringud selgitavad, et uus koroonaviirus hakkas New Yorgis ringlema veebruari keskel, ehk nädalaid varem esimesest teatatud juhtumist ning viirus saabus Euroopast, mitte Aasiast, vahendab New York Times.

Mount Sinai meditsiiniülikooli professor Harm van Bakel kirjutab oma töös, et viirus on selgelt pärit Euroopast. Uurimus, mis ootab praegu teiste spetsialistide kinnitusi, on avaldanud, et viirus levis varjatud kujul juba palju varem, kui see avastati ja ulatuslik testimine oleks suutnud seda õigel ajal tuvastada.

31. jaanuaril keelas president Donald Trump Ameerika Ühendriikidesse sisenemise neile, kes olid viibinud Hiinas. Veebruari lõpus hakkas Itaalia sulgema linnasid ja 11. märtsil sulges president Trump tee eurooplastele. Selleks ajaks oli juba suurem osa newyorklasi Euroopast koju naasenud.

Dr Heguy ja Dr van Bakel uurivad mõlemad erinevate viirusepuhangute ajalugu ja viiruste genoomi. Viirused ründavad rakke, võttes üle nende molekulaarsed mehhanismid ja luues selliselt uusi viiruseid. Tulemusena ilmneb viirusel mutatsioon, mida ei esinenud selle eellasel. Arvutiprogrammid suudavad mutatsioonide põhjal välja arvestada, millisele eellasele viirus kuulus.

Maciej Boni Penni ülikoolist on uurinud ulatuslikult viiruse genoomi ja järeldanud, et see pärineb nahkhiirtelt, kummutades sellega vandenõuteooria, et viirus on loodud laboris.

Hiina väike-sagarnina nahkhiir on kõige lähedasemalt viirusega seotud. Viirus avaldus nendel nahkhiirtel eelmistel dekaadidel, kuid suutis muteeruda selliselt, et võttis peremeeskehaks inimese organismi. 

Jaanuaris avaldasid Hiina ja Austraalia teadlased esimese uue koroonaviiruse genoomi. Praeguseks on leitud 3000 uut järjestust, mõned geneetiliselt identsed, teised mutatsioonidega.

Teadlased kasutavad andmebaasi GISAID, kuhu laetakse kõik avastatud genoomid. Projekti nimi on Nextstrain. Selle kaudu on avastatud, et viirus pärineb Hiinast ja liikus inimestele 2019. aasta lõpus.

Dr Heguy peab katastroofiliseks asjaolu, et Ameerika Ühendriikide valitsus ei võtnud asja tõsiselt ja testimisega alustati liiga hilja. Trevor Bedford leidis viiruse vähipatsiendilt ja selgus, et mutatsioon on sarnane jaanuari keskel Wasingtonis leitud juhtumiga. Seda aitaski tuvastada Nextstrain.

Esimene positiivne juhtum ilmnes New Yorkis 1. märtsil, mõnede nädalatega täitusid haiglad. Dr Heguy leidis, et New Yorgi viiruse genoomides oli unikaalseid mutatsioone, mida ei olnud leida mujalt. Selgus, et New Yorgi mutatsioonid olid identsed Euroopa omadega. Täpselt ei osata öelda, millise lennuga see saabus, kuid on teada, et see juhtus jaanuari lõpus või veebruari keskel. Teadlased lisavad, et viirus on vaatamata oma mutatsioonidele sama, seda võrreldakse võilille levimisega. 

See on hea uudis vaktsiini tootjatele, kuna mõned viirused, näiteks nagu gripp, arenevad niivõrd kiiresti, et nende peal on võimatu kasutada sama vaktsiini. Teadlased jätkavad mutatsioonide jälgimist ja genoomide analüüsimist, et hoida viiruse arenemisel silm peal.