Tartu teadlaste suur uuring otsis täpsemaid seoseid geenide ja haigusriskide vahel

Funktsionaalse genoomika teadur Urmo Võsa sõnul on geneetiliste variantide tõlgendamine keerukas, sest tihti pole selge, kuidas leitud variandid haiguse teket täpselt mõjutavad. Foto: Erakogu

Geeniuuringuid koondavas mainekas teadusajakirjas Nature Genetics avaldati Tartu Ülikooli genoomika instituudi teadlaste artikkel, kus kirjeldati tuhandeid genoomi variante, mis reguleerivad geenide aktiivsust. Leitud tulemused aitavad paremini mõista, mil moel inimese geneetiline taust haigusriskide tekkimist mõjutab ning samuti võivad need tulevikus olla olulised personaalmeditsiini elluviimiseks.

Levinuimad haigused on komplekshaigused, mille tekkimisel mängivad rolli tuhanded geenid ja keskkond. Geneetikute üks peamisi väljakutseid ongi mõista, kuidas variatsioonid inimese pärilikkusaines ehk DNAs mõjutavad riske nende tekkeks.

Haiguste aga ka teiste inimese tunnustega seotud genoomi variantide leidmiseks kasutatakse peamiselt ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid, mida viiakse enamasti läbi rahvusvahelise koostööna erinevate ülikoolide ja biopankade vahel. «Kuigi sellised uuringud on olnud viljakad, on leitud geneetiliste variantide tõlgendamine keerukas, sest tihti pole selge, kuidas leitud variandid haiguse teket täpselt mõjutavad,» sõnas funktsionaalse genoomika teadur Urmo Võsa, projekti koordinaator ning artikli juhtivautor.

Võsa ja tema kolleegide uuringu eesmärk oli praegusi teadmisi laiendada ning leida, millised haigusseoselised genoomi variandid mõjutavad ka geenide aktiivsust veres. «Keskendusime vere uurimisele, sest see on suhteliselt kergesti kogutav materjal ja võimaldas projekti läbi viia väga suures valimis. Seega on kõige informatiivsemad saadud tulemused verega seotud haiguste ja tunnuste lahti mõtestamiseks, aga võivad olla kasulikud ka teiste tunnuste uurimisel,» lisas Võsa.

Uuringus kasutati erilist meetodit – ekspressiooni kvantitatiivse tunnuse lookuse analüüsi – mis võimaldab paremini aru saada komplekshaiguste teket mõjutavatest keerukatest geneetilistest seostest. «Kuigi paljude haiguste seosed konkreetsete genoomi piirkondadega on juba kaardistatud, sisaldavad need piirkonnad tihti paljusid geene. Seetõttu ei tea me tihti täpselt, missugused vastavas piirkonnas asuvad geenid iga haiguse teket mõjutavad,» ütles Võsa.

Uuring viidi läbi rahvusvahelise koostööna, kus analüüsiti enam kui 31 tuhande inimese vereproovi erinevatest riikidest ja biopankadest, teiste hulgas osales ka Eesti geenivaramu. Võsa sõnul võimaldas kümnete tuhandete inimeste andmete analüüsimine leida tuhandeid geene, mis ei asu genoomis haigusega seotud geenivariandi vahetus läheduses, vaid mõnes teises genoomi regioonis. «Sellised geenid, mille aktiivsust mõjutavad mitmed haigusega seotud variandid erinevatest genoomi regioonidest, võivad pakkuda huvi ravimiarendajatele potentsiaalsete uute ravimisihtmärkidena,» lisas Võsa.

Inimesegenoomika professori ja uuringu ühe koordineeriva autori Tõnu Esko sõnul on sarnast analüüsimetoodikat kasutatud ka varem, aga kõne all olev uuring oli eelmistest sarnastest ligi kuus korda suurem ja võimaldas uurida aspekte, milleks napib väiksemamahulistes projektides võimsust. «Uuring demonstreeris hästi, kuivõrd oluline on teaduslik koostöö oluliste teadustulemuste saamiseks. Lisaks on vajalik ka järjepidevus – selle projektiga oleme tegelenud juba viimased üheksa aastat,» lisas Esko.

Teadustöö tulemusel valminud geneetiliste assotsiatsioonide kataloogi saavad kõik teadlased oma teadustöös kasutada ja see tehti avalikuks enne teadustöö avaldamist, koos eelretsenseerimata artikliga. «Projekti tulemusel saadud andmete väärtusest kõneleb tõik, et praeguseks on antud preprinti tsiteeritud juba 279 korral,» rõõmustab Esko.

Lisaks TÜ genoomika instituudile panustasid projekti ka Groningeni Ülikooli Meditsiinikeskuse professor Lude Franke poolt juhitud töögrupi teadur dr Annique Claringbould ning rohkem kui sada kaasautorit eQTLGen konsortsiumist.