Eesti ja Belgia teadlaste koostöö laiendas loote tervise uuringute võimalusi

Pilt on illustreeriv. Foto: Shutterstock

Eesti meditsiiniettevõtte Celvia CC, Tartu Ülikooli ning Katoliku Leuveni Ülikooli ühisprojekti raames valminud uudne sünnieelne geneetiliste andmete analüüsi tarkvara aitab tuvastada loote haruldasi kromosomaalseid haigusi. Tarkvara on nüüdseks kasutusele võetud Celvia CC meditsiinilaboris.

Uuringu vastutava autori, Tartu Ülikooli genoomika instituudi kaasprofessori Priit Palta sõnul on saavutatud tulemus suurepärane näide sellest, kuidas teadlaste ja erasektori koostöös arendatakse teadustöö tulemused rakendatavaks ja valideeritud testiks, mis jõuab meditsiini ja seda testi vajavate inimesteni.

Loote kromosomaalseid mikrodeletsioone esineb Eestis paaril vastsündinul aastas. Mikrodeletsiooni korral on lapsel kromosoomidest «kadunud» osa kriitilistest geenidest, põhjustades sündroome ehk mitmete erinevate kaebuste ja probleemide esinemist ühel indiviidil. Mikrodeletsioonide sündroomid on eluaegse mõjuga nii sündivale lapsele kui ka tema perele. Sõltuvalt mikrodeletsiooni tekkekohast genoomis kaasnevad patogeense mikrodeletsiooniga erinevad arenguhäired, sealhulgas intellektipuue, skisofreenia, kasvupeetus ja kardiovaskulaarsed probleemid.

Miks osadel loodetel tekivad genoomi mikrodeletsioonid ei ole senini veel selge. Erinevalt teistest kromosoomihaigustest ei ole põhjuseks ema kõrgem vanus. Näiteks, üks sagedasemaid mikrodeletsioone on 22. kromosoomis esinev kuni 30-40 geeni puudumine, mis põhjustab DiGeorge sündroomi.

Uuringu kaasautor ja Celvia CC juhatuse liige Andres Salumets sõnas, et mikrodeletsioonide sündroomide korral on tegemist harvikhaigustega, mis esinevad harva, kuid mis võivad olla patsiendile tõsiste tagajärgedega. «Harvikhaigustega lapsed Eestis on kõige halvemas positsioonis ravi kättesaadavuse osas terves Euroopas. Seetõttu on oluline arendada skriiningu võimalusi rasedatele. Kokkuvõttes peavad arenema nii harvikhaiguste ravi kui ka diagnostika võimalused, mis parandab paralleelselt harvikhaiguseid põdevate laste tervist, kuid samas võimaldab BinDel tuvastada haiguse riske juba sünnieelselt,» ütles Salumets.

Raseduse esimese kolmandiku jooksul on võimalik lootel tuvastada olulisemaid tervisehäireid tekitavaid geneetilisi muutuseid. Loote geneetilises sõeluuringus kasutatakse loote ultraheli uuringut ja raseda vereproovi analüüsi. Eestis on rasedate kaasatus loote tervise sõeluuringutes üks maailma paremaid. Samas on loote mikrodeletsioonide sündroomide tuvastamine rasedate sõeluuringus raskendatud, kuna loote ultraheli uuringus ei pruugi esineda selgeid kõrvalekaldeid tema arengus ja samuti ema vereproovi analüüs ei viita haiguse esinemisele. Seetõttu on suur tõenäosus, et mikrodeletsioonidest põhjustaud geneetilised muutused lootel jäävad rasedal avastamata ning need diagnoositakse sageli alles raseduse hilisemas staadiumis või isegi pärast lapse sündi.

Mitteinvasiivne sünnieelne test ehk NIPT on üks täpsemaid loote geneetiliste haiguste tuvastamise võimalus, mille käigus analüüsitakse loote päritolu DNA-d ema vereproovis. Eestis teostatakse Celvia CC laboris NIPTIFY testi, seda tehakse ligikaudu igale viiendale rasedale. Seni olid aga võimalused loote mikrodeletsioonide tuvastamiseks suhteliselt piiratud. Käesoleva koostöö tulemusena, milles osalesid Celvia CC teadlased koostöös Tartu Ülikooli ja Leuveni Ülikooli kolleegidega, töötati välja BinDel – uudne ja täpne tarkvaralahendus loote mikrodeletsioonide riski tuvastamiseks NIPT sõeluuringu raames.

Priit Palta sõnul said nad koostöös Belgia kolleegidega kasutada arendustöös unikaalseid kliinilisi proove patsientidelt, kellel oli tuvastatud loote mikrodeletsiooni sündroom. «Kasutades meie uudset algoritmi ja Belgia kolleegide unikaalset kliiniliste proovide kollektsiooni töötasime välja ja valideerisime BinDeli algoritmi, mis võimaldab seda analüüsi kasutada NIPTIFY uuringus. Meie tarkvara suutis õigesti tuvastada ligikaudu 90% kliiniliselt kinnitatud loote mikrodeletsioonide juhtudest, mis on seni parim kvaliteet NIPT testi kasutamisel mikrodeletsioonide riski hindamisel,» ütles Palta.

«Meile teadaolevalt on see uuring üks seni suurimaid ja põhjalikumaid, demonstreerides BinDeli tõhusust loote mikrodeletsioonide tuvastamisel NIPT testi abil. Loodame, et meie geneetiliste andmete tarkvara oleks võimalik kasutada kõikide Eesti rasedate terviseriskide hindamisel,» lisas uuringu juhtivautor Priit Paluoja.

Tänaseks on algoritm jõudnud kasutusse Celvia meditsiinilaboris. Celvia labori juhataja ja uuringu kaasautori Kaarel Krjutškovi hinnangul on BinDeli kasutamine oluline positiivne muutus sünnieelse sõeluuringu läbiviimisel: «On väga positiivne, et saame seda uuendust kiirelt kasutada Eesti tervishoiusüsteemis.»

Artikkel avaldati ajakirjas Prenatal Diagnosis.